Trường THCS Phương Nam trực thuộc phòng GD&ĐT Uông Bí, dưới sự chỉ đạo trực tiếp về mặt nhà nước của UBND phường Phương Nam, phòng GD&ĐT, UBND thành phố, hoạt động trên lĩnh vực giáo dục trong phạm vi pháp luật qui định.

Nhà trường hoạt động theo đúng điều lệ trường trung học, cụ thể:

1. Tổ chức giảng dạy, học tập và các hoạt động giáo dục khác theo mục tiêu, chương trình giáo dục phổ thông dành cho cấp THCS do Bộ trư­ởng Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành. Công khai mục tiêu, nội dung các hoạt động giáo dục, nguồn lực và tài chính, kết quả đánh giá chất lượng giáo dục.

2. Quản lý giáo viên, cán bộ, nhân viên theo quy định của pháp luật.

3. Tuyển sinh và tiếp nhận học sinh; vận động học sinh đến trường; quản lý học sinh theo quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo.

4. Thực hiện kế hoạch phổ cập giáo dục trong phạm vi được phân công.

5. Huy động, quản lý, sử dụng các nguồn lực cho hoạt động giáo dục. Phối hợp với gia đình học sinh, tổ chức và cá nhân trong hoạt động giáo dục.

6. Quản lý, sử dụng và bảo quản cơ sở vật chất, trang thiết bị theo quy định của Nhà nước.

7. Tổ chức cho giáo viên, nhân viên, học sinh tham gia hoạt động xã hội.

8. Thực hiện các hoạt động về kiểm định chất lượng giáo dục.

9. Thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn khác theo quy định của pháp luật.